Séquençage métagénomique 16S ou par approche « shotgun » : lequel offre une image plus complète ?

Lorsque vous choisissez un test intestinal, vous pouvez vous concentrer sur le prix ou l'emballage. Mais la partie la plus importante est la technologie utilisée par le laboratoire pour lire votre ADN. Comprendre la différence entre le séquençage métagénomique 16S et le séquençage métagénomique shotgun vous indique le niveau de détail que vous obtiendrez réellement. Une méthode offre un bref aperçu, tandis que l'autre donne une vue d'ensemble de votre intestin.

Ce guide explique les deux méthodes en langage simple. Nous comparerons leurs points forts afin que vous puissiez comprendre pourquoi la méthode utilisée pour votre test est plus importante que vous ne le pensez.

Qu'est-ce que le séquençage du microbiome ?

Le séquençage du microbiome est le processus de lecture du matériel génétique dans votre échantillon. Il identifie les micro-organismes présents dans votre intestin et leur quantité.

Toutes les méthodes de séquençage du microbiome intestinal lisent l'ADN, mais de manière différente. Certaines ne lisent qu'une petite partie, tandis que d'autres lisent l'intégralité du génome.

Les deux principales approches sont le test du microbiome 16S et le séquençage métagénomique shotgun. Ces deux méthodes ne sont pas identiques et fournissent des résultats très différents pour votre santé.

Qu'est-ce que le séquençage 16S ?

Un test de microbiome 16S examine un marqueur génétique spécifique trouvé chez les bactéries, appelé gène ARNr 16S. Ce gène agit comme un "code-barres bactérien", car différentes sortes de bactéries en possèdent des versions uniques.

Les scientifiques utilisent le séquençage 16S pour analyser ce gène et identifier les types de bactéries présentes dans un échantillon, comme celles que l'on trouve dans l'intestin. Le processus consiste à faire de nombreuses copies d'une région ciblée du gène 16S afin que les chercheurs puissent comparer les résultats avec des bases de données bactériennes connues.

Ce que le 16S peut faire

Le séquençage 16S est une méthode largement utilisée et rentable pour obtenir un aperçu général de la communauté bactérienne dans l'intestin. Il peut aider à identifier de nombreux groupes bactériens, à estimer leur abondance relative et à mesurer la diversité bactérienne globale, donnant ainsi un aperçu de la composition générale de votre microbiome.

Limites du 16S

Bien que le séquençage 16S soit utile, il présente des limites. Étant donné qu'il se concentre sur un seul marqueur bactérien, il ne peut souvent pas fournir d'informations détaillées sur des souches bactériennes spécifiques ou leurs fonctions individuelles.

La méthode 16S ne s'intéresse qu'aux bactéries. Elle ne tient pas compte des autres composants du microbiome, tels que les champignons, les virus ou les parasites. En termes simples, le 16S peut aider à montrer qui est présent, mais il ne révèle pas pleinement ce qu'ils font ni comment ils peuvent influencer votre santé.

Qu'est-ce que le séquençage métagénomique shotgun ?

Le séquençage métagénomique shotgun adopte une approche beaucoup plus large de l'analyse du microbiome. Au lieu d'examiner un seul marqueur génétique, il séquence l'ADN trouvé dans tout votre échantillon, créant ainsi une image plus complète de la communauté microbienne.

Le terme "shotgun" (à fragmentation aléatoire) vient de la façon dont l'ADN est fragmenté en millions de petits morceaux et analysé d'un coup. Ces fragments sont ensuite comparés à des bases de données pour identifier les organismes présents et comprendre leur potentiel génétique.

Contrairement au séquençage 16S, la métagénomique shotgun offre une vue plus approfondie du microbiome. Elle est considérée comme l'une des approches les plus avancées actuellement utilisées pour l'analyse du microbiome.

Ce que le Shotgun peut faire

• Identifier un éventail plus large de microorganismes, y compris les bactéries, les champignons, les virus, les archées et certains parasites.
• Établir le profil des microbes avec une plus grande précision, souvent au niveau de l'espèce et de la souche.
• Révéler les gènes fonctionnels portés par le microbiome.
• Identifier les voies métaboliques potentielles impliquées dans la production de nutriments, tels que les acides gras à chaîne courte, les vitamines et les composés liés aux neurotransmetteurs.
• Fournir des informations sur les fonctions microbiennes liées à la digestion, au métabolisme et aux interactions immunitaires.
• Détecter les microorganismes qui peuvent être difficiles à étudier avec les méthodes de laboratoire traditionnelles.

La recherche derrière cela

Les études publiées dans BMC Genomics montrent que le séquençage shotgun fournit un aperçu beaucoup plus détaillé. C'est la méthode préférée pour quiconque souhaite une analyse approfondie de son échantillon de selles.

Des études comparant le séquençage 16S et le séquençage shotgun ont montré que la métagénomique shotgun offre une vue plus détaillée du microbiome, y compris des informations sur des microbes spécifiques et leurs fonctions potentielles.

Séquençage métagénomique 16S vs shotgun : Comparaison

Pourquoi la méthode de séquençage est importante pour votre rapport

La différence entre ces deux méthodes affecte la qualité des conseils que vous recevez. Un test du microbiome 16S pourrait vous indiquer qu'un certain groupe de bactéries est présent, mais pas beaucoup plus.

Il ne peut pas vous dire si des champignons provoquent vos ballonnements ou si votre intestin produit suffisamment de vitamines. Ce manque de détails rend plus difficile l'élaboration d'un plan de santé réellement personnalisé.

Un test du microbiome shotgun offre à votre rapport un ensemble de données beaucoup plus riche. Cela permet de meilleures recommandations alimentaires et des conseils en matière de compléments basés sur le fonctionnement réel de votre intestin.

Par exemple, votre rapport peut souligner la manière dont votre microbiote intestinal traite les glucides, y compris le lactose qui n'est pas entièrement digéré plus tôt dans le tube digestif. Ces informations peuvent vous aider à comprendre comment votre environnement intestinal peut influencer votre réponse à certains aliments, y compris les produits laitiers.

L'importance capitale de cette méthode : l'argument en faveur du séquençage shotgun pour les tests grand public

La comparaison entre le séquençage métagénomique 16S et le séquençage shotgun est souvent abordée en termes de profondeur et de détail pour les informations personnelles sur la santé. Bien que le 16S soit utile pour les grandes études de recherche et le profilage microbien général, il peut être plus limité lorsqu'une vue plus approfondie et fonctionnelle du microbiome est nécessaire.

Si vous souhaitez mieux comprendre comment votre écosystème intestinal est lié à la digestion et à la fonction métabolique, une profondeur supplémentaire peut être précieuse. La métagénomique shotgun fournit des informations plus détaillées qui peuvent aider à explorer les fonctions et les voies microbiennes impliquées dans la digestion et d'autres processus biologiques, y compris ceux liés à l'inflammation.

Lorsque vous utilisez dnaPower, vous bénéficiez d'une technologie qui offre une vue plus large de votre microbiome. Cela peut être plus informatif que de simplement mesurer l'abondance relative des groupes bactériens, surtout lorsque l'objectif est une compréhension fonctionnelle plutôt qu'une classification de base.

Comment MapmyBiome utilise le séquençage métagénomique Shotgun

Le kit de test MapmyBiome utilise le séquençage métagénomique shotgun pour analyser votre échantillon de selles. Ce test va bien au-delà des bactéries de base pour inclure les champignons et les virus.

Le rapport qui en résulte couvre la diversité microbienne de tous les types d'organismes. Il fournit également des informations sur la façon dont votre intestin produit des nutriments et gère l'inflammation.

Cette analyse approfondie vous aide à comprendre les risques liés à la santé intestinale et aux maladies chroniques. Vous bénéficierez également d'un entretien de 45 minutes avec un praticien pour vous expliquer vos résultats.

Cette approche garantit que vous tiriez le meilleur parti de votre test métagénomique des selles. Une image complète conduit à des recommandations de style de vie beaucoup plus ciblées.

Réflexions finales : Choisissez un test de microbiome offrant des informations plus approfondies

Comprendre le séquençage métagénomique 16S vs shotgun est vital avant de dépenser de l'argent pour un test. La méthode détermine la spécificité de vos recommandations.

Ne vous contentez pas d'un aperçu général lorsque vous pouvez avoir une carte complète de votre intestin. Le séquençage shotgun vous apporte la valeur réelle dont vous avez besoin pour améliorer votre santé.

Si vous souhaitez consulter tous nos tests de santé, visitez notre site web. Faites le premier pas vers un intestin plus sain dès aujourd'hui.

FAQ : Séquençage métagénomique 16S vs Shotgun

Le séquençage 16S est-il un mauvais test ?

Ce n'est pas un mauvais test, mais il est limité. Il est préférable pour la recherche où vous avez seulement besoin d'étudier les bactéries de manière générale.

Un test shotgun peut-il identifier des souches bactériennes spécifiques ?

Oui. La recherche confirme que le séquençage métagénomique shotgun permet la détection au niveau de la souche. C'est beaucoup plus précis que les résultats au niveau du genre du 16S.

La méthode de séquençage influence-t-elle mes recommandations alimentaires ?

Oui, elle le fait. Pour obtenir des conseils alimentaires précis, vous devez savoir ce que vos microbes font réellement. Seul le séquençage shotgun fournit ces données fonctionnelles.

Comment savoir quelle méthode un test utilise ?

Un bon fournisseur indiquera toujours la technologie qu'il utilise. S'il ne la mentionne pas, vous devriez poser la question avant d'acheter.

Cela peut-il aider avec les sensibilités alimentaires ?

MapmyBiome peut fournir des informations sur votre microbiome intestinal, ce qui peut vous aider à mieux comprendre comment votre système digestif réagit à différents aliments. Bien qu'il ne diagnostique pas les sensibilités alimentaires, il peut offrir des indices sur la façon dont votre environnement intestinal traite les nutriments et les glucides, y compris les composants laitiers qui atteignent le côlon.

Pour une image plus complète, certaines personnes choisissent également de combiner les informations sur le microbiome avec d'autres outils, tels qu'un test ADN d'intolérance au lactose au Canada, qui examine les facteurs génétiques impliqués dans la digestion du lactose.